据悉，2004年，海淀正式开展新型农村合作医疗制度，并于2008年建立了政府主导的住院区级统筹、门诊乡镇统筹的新型农村合作医疗制度，实行区、乡镇两级管理，乡镇一级报销的管理体制。几年来，保障水平的不断提高，农民就医看病的负担逐渐减轻了。
2012年，海淀区新型农村合作医疗区级统筹基金筹资已增至人均770元，镇级门诊统筹基金筹资人均不低于140元。海淀区新型农村合作医疗制度住院补偿起付线从2004年3000元降至第一次住院起付线为1300元，年度内两次及以上住院每次起付线650元（特病门诊一年只扣除一次起付线）；住院补偿比例从2004年30%增长到一级医院80%，二级医院70%，三级医院九类重大疾病70%，其他疾病55%；住院补偿封顶线从2004年3万元增长到18万元。
对于特殊病种的保障范围也在逐年扩大，肝移植、肾移植、肝肾联合移植术后抗排异药、儿童血友病、再生障碍性贫血等，均可以获得医疗补偿。2010年，海淀区新农合又新增了孕产妇住院分娩费用补偿。在海淀区农村孕产妇住院分娩定点医疗机构因住院分娩发生的费用，除按相关规定享受财政补贴外，可再按照新农合住院补偿规定享受报销，报销费用累计在住院补偿费用中。2011年，我区新农合对于恶性肿瘤、终末期肾病、重性精神病、先天性心脏病等9类重大疾病补偿比例达到70%。2012年，在原有9类重大疾病基础上，新增耐多药肺结核、艾滋病机会感染、急性心肌梗塞、脑梗死、甲亢、唇腭裂6类纳入重大疾病保障范围，15类重大疾病政策范围内住院费用补偿比例将达到75%。
海淀区新型农村合作医疗由原来的只保大病医疗到如今的住院和门诊统筹兼顾，新型农村合作医疗门诊报销从最初只有部分乡镇开展，到如今已全面实施。目前，门诊统筹以镇为单位进行管理，按照参合农民人均不低于140元的标准建立门诊统筹基金，其中区级基金按照人均50元标准下拨，各镇自筹不低于人均90元标准。参合人员发生的门诊费用，扣除自费部分后，原则上起付线不低于1000元，门诊费用补偿比例为50%，个人门诊补偿年累计最高补偿额为1万元。各镇可结合具体情况，制定门诊统筹管理办法并组织实施。
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